In der Höhlenforschung spielt die Unterwasserforschung eine wichtige Rolle, da viele trockene Gangteile hinter wassererfüllten Passagen, sogenannten Siphonen, zuerst nur tauchend erforscht werden können, mit dem Ziel einen "trockenen" Zugang zu einem Karstsystem zu finden. Neben Aspekten der Hydrogeologie, Biospeläologie und vieler Randbereiche werden auch Unterwasserhöhlen bestmöglichst vermessen und dokumentiert. Höhlentaucher kommen auch bei Rettungseinsätzen zum Einsatz, wenn durch Hochwasser Eingeschlossene versorgt oder geborgen werden müssen.